Dans la mouvance socialiste chrétienne de Buchez, puis proudhonien, la figure du journaliste lyonnais Frédéric Morin présente un cas de contestation de la philosophie et de l'histoire de la philosophie cousiniennes par un intellectuel extérieur au monde académique. Fervent adepte d'une histoire du progrès de l'humanité par la science, Morin s'attaque à l'histoire de la philosophie cousinienne en opérant deux mouvements : il réhabilite la Renaissance et décloisonne la philosophie, qu'il inscrit dans une histoire plus vaste, des sciences. En 1856, dans un ouvrage intitulé De la genèse et des principes métaphysiques de la science moderne, ou la philosophie des sciences cherchée dans leur histoire, Morin se situe entre deux fronts, la philosophie universitaire (les Cousiniens) et le positivisme de Comte, tous deux caducs selon lui. Alors que Cousin, enfermé dans une psychologie vague, a manqué la dimension proprement scientifique de la philosophie (depuis la Renaissance), l'historiographie positiviste ignore la vraie nature de la science moderne, qui est à rechercher dans une certaine métaphysique. La science moderne reposerait moins sur les faits et les sensations qu'elle ne signalerait l'avènement des grandes théories. L'abstraction mathématique, des échafaudages métaphysiques, y congédieraient l'empirisme médiéval.